胶质母细胞瘤FMOD基因非CpG岛DNA甲基化水平与病人预后的关系

作者：李剑; 毛星刚; 贺亚龙; 董必峰

来源：中国临床神经外科杂志, 2021, 26(05): 336-390.

DOI：10.13798/j.issn.1009-153X.2021.05.006

• 胶质母细胞瘤
• 纤调蛋白(FMOD)
• 基因表达
• 非CpG岛
• DNA甲基化
• 预后

目的探讨纤调蛋白(FMOD)基因非CpG岛区域DNA甲基化在人脑胶质母细胞瘤(GBM)中的改变模式以及与基因表达、临床预后的关系。方法检索国癌症基因组图谱计划数据库(TCGA)和国国立卫生院下属基因表达数据库(GEO)下载人脑GBM组织基因表达芯片GSE36278、GSE22891及GSE50923。分析FMOD基因的CpG探针[cg26987645和cg03764585,均来自人类全基因组DNA甲基化芯片(Infinium HumanMethylation 27 k和450 k BeadChips),均位于非CpG岛区域(www.illumina.com)]β值(与甲基化水平呈正相关)。结果与非肿瘤组织相比,GBM组织FMOD基因非CpG岛区域探针cg26987645和cg03764585的β值均显著下降,提示GBM组织FMOD基因发生特异性低甲基化。将CpG岛区域探针cg26987645和cg03764585的β值与mRNA数据进行关联分析发现,DNA甲基化水平与FMOD基因表达水平呈显著负相关(P<0.001)。Cox回归分析显示,随FMOD基因CpG岛区域探针cg26987645和cg03764585的β值增加,GBM病人生存期显著延长(P<0.05)。FMOD基因非CpG岛cg03764585和cg26987645探针分析显示,非G-CIMP亚型病人甲基化水平较G-CIMP亚型病人明显降低(P<0.05),而FMOD基因表达水平明显增高(P<0.05)。结论本文结果提示,GBM组织FMOD基因非CpG岛区域呈低甲基化表现,与FMOD基因表达和病人生存预后均呈明显负相关。

• 单位
  第一附属医院神经外科; 中国人民解放军空军军医大学