草果种子休眠解除过程中qRT-PCR内参基因筛选

作者：姚李祥; 潘春柳^*; 余丽莹; 乔柱; 唐美琼; 韦范

来源：中国中药杂志, 2021, 46(15): 3832-3837.

DOI：10.19540/j.cnki.cjcmm.20210523.101

• 草果
• 内参基因
• 实时荧光定量PCR

草果种子具有显著的休眠现象,筛选种子休眠解除过程中稳定表达的内参基因,对于后续开展相关基因的功能研究来说至关重要。该研究以不同休眠解除阶段的草果种胚为实验材料,选取10个常用的基因(GAPDH、40S、actin、tubulin、EIF4A-9、EIF2α、UBC、UBCE2、60S、UBQ)作为候选内参基因,进行实时荧光定量PCR分析。采用BestKeeper、geNorm、Normfinder和Delta CT 4种方法对候选内参基因的表达稳定性进行分析,最后通过在线分析工具RefFinder对其表达稳定性进行综合排序。结果表明10个候选内参基因在不同休眠解除阶段的草果种胚样品中的表达水平具有较大差异,其中GAPDH和40S的Ct较小,其表达丰度较高。geNorm分析以40S和UBCE2表达最为稳定;NormFinder分析以EIF2a表达最为稳定,UBC表达稳定性最低;BestKeeper分析结果显示UBCE2的表达最为稳定,actin稳定性最差;Delta CT分析以40S表达最为稳定。RefFinder综合分析显示UBCE2表达稳定性最高。因此,UBCE2可作为草果种子不同休眠解除阶段qRT-PCR分析的理想内参基因。该研究结果可为后续开展草果种子休眠解除过程中相关基因的表达分析奠定基础。

• 单位
  广西药用植物园