集体土地立体利用中权利冲突频现,亟需明确其土地空间权利配置规则。集体土地上下空间归集体所有,但权利行使有其限度,应根据权利人预期、空间可支配性与公益因素综合确定,并由需用者对限制的正当性承担论证义务。集体建设用地使用权可分层设立,因公益需要使用集体土地空间,采用征收取得建设用地使用权方式。这种立体化权利配置路径,能够提高土地公有制条件下空间权利配置适应性,促使建立健全城乡统一建设用地市场。