GROMACS是一款被广泛采用的分子动力学模拟软件。本文从扩展力场出发,使之适用于粗粒化系统的模拟,从而能使用GROMACS标准工具生成拓扑,构建分子系统。同时使用粗粒化的MARTINI势能对两个分子系统进行模拟和验证。最后给出了GROMACS单位到更一般粗粒化系统的映射方法。本文采用的方法对将GROMACS扩展到实际的非生物分子体系也有重要的借鉴作用。
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