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摘要
利用Krait软件对2020年新公布的拼接程度更高的大银鱼全基因组中完美型微卫星的分布特征进行分析，并依此开发出具有多态性的微卫星标记（又称简单重复序列）。结果显示：在大银鱼全基因组内共获得587 554个完美型微卫星位点，序列总长度为11 803 017 bp，占基因组长度的2.53%，其中二核苷酸微卫星数量最多（68.35%）；设计的99对引物中有39对具有多态性。在大银鱼自然群体（洄游型和陆封型）及移植群体中各选择一个具有代表性的群体对多态性较好的14个标记进行检验。结果表明：多态性较好的14对引物在3个具有代表性的群体中均能进行有效扩增；对3个群体的遗传多样性和遗传结构进行分析，发现崇明岛群体（洄游型）（He=0.614,PIC=0.576）具丰富的遗传变异性，与淡水群体（太湖和连环湖）分属于不同的遗传群组，两者间具有较大的遗传距离和极高的遗传分化水平(Fst＞0.25,P＜0.05);2个淡水群体的遗传变异相对匮乏，群体间的遗传距离较小，虽存在显著的遗传分化，但遗传分化水平较低(Fst=0.102,P＜0.05)。本研究结果表明洄游型群体具有潜在的种质资源保护价值。研究可为后续微卫星标记开发和遗传图谱构建等提供依据，并为后续更大范围的群体种质资源的评估与管理提供基本参考。
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