20世纪20年代，东南大学在借鉴西方学科制度基础上进行了本土化探索。在政府与学人的共谋共进中，东南大学的学科人才培养、科学研究、管理制度等共同构成了知识生产、创新的动态网络。但政府职能的失位、学科结构的失衡、本土研究的缓滞、价值认同的分歧等亦造成了学科发展的困局。学科建设必须合理定位政府角色，健全民主参与机制；破解利益壁垒，注重学科交互融通；拓展国际视野，坚持学科本土立场；建设学科文化，构建学术共同体。
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