铁核桃叶绿体基因组密码子偏好性分析

作者：原晓龙; 郝佳波; 王毅^*; 陆斌^*

来源：分子植物育种, 2020, 18(20): 6671-6677.

DOI：10.13271/j.mpb.018.006671

• 铁核桃(Juglans sigillata Dode)
• 叶绿体基因组
• 密码子偏好性

为了分析铁核桃基因组密码子使用模式及其主要影响因素,本研究利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP对源自铁核桃叶绿体基因组中的52个基因的密码子碱基组成规律进行分析,并作中性绘图、ENC-plot和偏倚性分析,通过计算高、低表达基因库间的ΔRSCU值来确定最优密码子。结果显示,密码子不同位置的GC含量存在差异,表现为GC1(46.59%)>GC2(39.03%)>GC3(27.47%);ENC值在37.68～58.08之间,且ENC值>45的有36个,占比69.23%;中性绘图分析显示GC12在0.306～0.543之间,GC3在0.300～0.365之间,GC12和GC3的相关系数为0.182,相关性不显著,回归系数为0.261 2;ENC-plot分析显示大部分基因位于标准曲线附近;偏倚性显示位于平面图的右下方位置的基因数量最多;最优密码子分别为UUU、UUA、GUA、AGU、ACU、UAU、CAA、AAA、GAA、UGU、AUU和GCA。以上结果说明铁核桃叶绿体基因组密码子偏好以A/T结尾,影响偏好性的主要因素为选择。本研究为以后通过外源基因密码子改造后以铁核桃叶绿体为载体进行异源表达及种源鉴定提供科学根据。