目前福建自贸试验区对台产业合作面临的挑战主要体现在三个方面:一是对台产业合作亟需补充新的动力源泉;二是对台产业合作面临台湾当局政治阻力;三是中美经贸摩擦对台商在大陆投资带来不利冲击。新形势下,应从拓展产业合作空间、统筹片区对台产业合作布局、创新对台招商引资模式、加强人力资本保障、拓宽台企融资渠道和有效落实同等待遇等方面积极探索,进一步深化福建自贸试验区对台产业合作。