利用SNP分子标记构建50份糯玉米自交系DNA指纹库

作者：韩晴; 孙小淋; 卢媛; 田东; 施标; 沈雪芳^*

来源：上海农业学报, 2020, 36(03): 15-19.

DOI：10.15955/j.issn1000-3924.2020.03.03

• 糯玉米
• 自交系
• DNA指纹库
• SNP标记

为构建糯玉米品种DNA指纹库,保护品种资源,利用Illumina公司研发的包含56 110个SNP标记的芯片,对50份糯玉米自交系进行基因分型。结果表明:按照SNP标记选用标准,共得到42 406个SNP标记。这些标记的杂合率均值为0.04,SNP缺失率均值为0.01,最小等位基因频率(MAF)均值为0.4,多态性信息含量(PIC)均值为0.38,基因多样性指数均值为0.44。对上述获得的SNP标记设置不同数量位点进行筛选,确定25 000位点为核心标记位点,可用于构建糯玉米自交系DNA指纹库。在25 000位点时,对50份糯玉米自交系进行SNP聚类分析,共将其划分为四大类群,聚类结果与品种系谱来源一致。该研究可为糯玉米品种特异性和一致性的鉴定分析及品种保护工作提供理论指导。

• 单位
  上海市农业科学院; 上海市农业科学院作物育种栽培研究所