茄子TCP基因家族全基因组的鉴定与分析

作者：杨婷; 黎成; 申佳瑜; 庄彬贤; 温永仙^*

来源：生物工程学报, 2022, 38(08): 2974-2988.

DOI：10.13345/j.cjb.220114

• 茄子
• TCP基因家族
• 基因结构
• 进化分析
• 组织表达

TCP (teosinte branched1/cincinnata/proliferating cell factor)转录因子是植物特有转录因子家族，在植物整个生长发育过程中都有着很重要作用。目前，在茄子(Solanum melongena L.)中还没有关于TCP转录因子的相关报道。本研究利用生物信息学方法在茄子基因组数据库中鉴定出分布于11条染色体上的29个茄子TCP家族基因(eggplant TCP, SmTCP)。研究结果显示，该家族所有成员均含有编码TCP保守结构域的序列。这些成员氨基酸长度范围为201–538 aa，外显子数为1或2。亚细胞定位显示，有3个SmTCP(SmTCP02/03/21)蛋白位于细胞质中，其他SmTCP蛋白都位于细胞核中。系统发育树和序列特征分析均将29个SmTCP基因分成ClassⅠ(PCF)和ClassⅡ(CIN和CYC/TB1)两大类。共线性分析发现，17对(21个) SmTCP基因存在共线性关系，且这些存在共线性关系的基因都属于片段复制。基因表达模式分析显示，29个SmTCP基因家族成员在15个组织或器官中都有表达，但是不同成员的表达模式存在差异，其中CIN亚家族的4个基因(SmTCP18/19/20/25)在3个不同生长期的叶片中均较高表达。SmTCP启动子区域的顺式作用元件分析共发现4类顺式作用元件。本研究从多个角度分析了SmTCP基因分子基础，研究了TCP转录因子对茄子生长发育的影响，为茄子分子育种提供理论参考。

• 单位
  福建农林大学