沈葆桢总督两江期间,是湘系督抚把持江督和南洋大臣的间隔时期,亦是南北洋关系变动的关键时期。其间,南洋无论在筹建近代水师,还是在协饷北洋淮军、整顿江南制造总局和轮船招商局局务上,均能与北洋和衷共济,支持北洋,即使偶有分歧,仍合作居多。在海防塞防之争中,沈葆桢虽表示将持平相待,但实则偏向北洋。但在吴淞铁路案的交涉上,沈葆桢主张强硬,李鸿章则主张周旋,沈、李的外交态度,凸显南北洋关系的分歧。沈葆桢督江期间,北洋洋务、海防逐渐后来居上,对晚清内外权力格局的变动产生重大影响。