PCR-SSCP技术与比较基因组学结合定位棉花Li1基因

作者：杨芬; 曹跃芬; 代华琴; 蒋玉蓉

来源：农业生物技术学报, 2016, 24(04): 613-624.

• 棉花
• PCR-SSCP
• 李氏超短纤维突变体(Li1)
• 比较基因组学
• 遗传作图

聚合酶链式反应-单链构象多态性(polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism,PCR-SSCP)作为一种能检测基因组间DNA碱基微小差异的技术手段,具有操作简便、快捷且灵敏度高等优点。比较基因组学近年来已经成为研究生物基因组的最主要手段之一;大量基因组序列的产生为通过比较基因组学开发新标记和定位目标基因提供了大量的DNA序列资源。本研究以李氏超短纤维突变体(Ligon lintless-1,Li1)为材料,定位Li1基因,针对PCR扩增产物片段较大的样品(>400bp)进行PCR-SSCP技术的优化,用已发表的拟南芥(Arabidopsis thaliana)和棉花(Gossypium spp.)D基因组DNA序列为参考,探索PCR-SSCP技术与比较基因组学结合开发新标记应用于棉花基因定位的可能性。结果表明,电压为150 V,胶浓度为10%,电泳温度为4℃时电泳结果最好;上样缓冲液与PCR扩增目的片段比例为5∶1为最佳比例。利用上述优化的PCR-SSCP技术将根据棉花与拟南芥同线性区段开发的分子标记构建了一个由28个标记组成的长度为149.6 c M的遗传图,该区域包含4个功能上与Li1位点密切相关的基因。此外,利用D基因组序列开发的标记构建了一个由17个SSCP标记和Li1位点组成,跨越40.3c M的遗传图谱,距其最近的两端标记W058和P095分别为0.6和0.3 c M。本研究为棉花Li1基因的精细定位及其候选基因的克隆提供了理论基础。

• 单位
  棉花生物学国家重点实验室; 浙江农林大学; 中国农业科学院棉花研究所