基于生物信息调控网络的肝细胞癌核心标志物筛选

作者：贾玉林; 张伟; 赵淑磊; 许昌芹^*

来源：中国医刊, 2023, 58(08): 879-884.

DOI：10.3969/j.issn.1008-1070.2023.08.018

• 肝细胞癌
• 微小RNA
• 生物信息学分析

目的 通过生物信息学分析，探索肝细胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）诊断中潜在的miRNA标志物。方法 收集GEO数据库中诊断为HCC患者的临床资料并进行筛选，通过R软件识别差异表达的miRNA、mRNA，运用MiRWalk数据库预测筛选出来的差异miRNA的下游靶mRNA。利用网络生物信息分析工具进行gene ontology(GO)功能注释分析和kyoto encyclopedia of genes and genomes (KEGG)通路富集分析，建立蛋白互作网络（protein-protein interaction network,PPI)，并通过Cytoscape软件分析出关键基因，进而构建mRNA-miRNA的调控网络。结果 共筛选出了152个高表达和109个低表达的差异表达基因，其中上调的关键基因为BUB1B、AURKA、CCNA2、TOP2A、RACGAP1、MKI67、RRM2、KIF4A、NCAPG、FOXM1；下调的关键基因为IGF1、HGF、PDGFRA、CXCL12、DCN、TGFA、NRG1、FOXO1、AR、NAMPT。通过MiRWalk数据库的预测数据，推测出对这些关键基因进行调控的miRNA，最终发现具有诊断意义的miRNA，其中hsa-miR-301a、hsa-miR-221、hsa-miR-222、hsa-miR-15b、hsa-miR-320c、hsa-miR-587和hsa-miR-648的高表达提示HCC预后不良；而hsa-miR-575的低表达提示HCC预后不良。结论 通过生物信息学手段筛选出HCC患者的差异表达基因，构建mRNA-miRNA调控网络，明确了在HCC诊断中的关键miRNA，为HCC的临床无创筛查提供了新的视角和方向。

• 单位
  山东大学齐鲁儿童医院; 山东第一医科大学