基于16S rDNA测序技术分析不同龄期蚕沙中菌群多样性

作者：郑天瑶; 宿树兰; 蔡红蝶; 戴新新; 欧阳臻; 段金廒

来源：中国中药杂志, 2017, 42(16): 3098-3105.

DOI：10.19540/j.cnki.cjcmm.20170714.005

• 不同龄期
• 蚕沙
• 菌群多样性
• 16S rDNA高通量测序

该文对不同龄期烘干前后蚕沙中菌群多样性进行分析与评价,以期明确其菌群组成及其丰富度差异,阐明烘干处理对中药材蚕沙中菌群的影响,为其功效科学内涵的揭示提供依据和参考。应用高通量测序技术测定蚕沙细菌的16S rDNA-V4变异区序列,应用Qiime,Mothur,PICRUSt等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析蚕沙样品中菌群的组成、丰度、分布、Alpha多样性、Beta多样性,菌群差异性及对群落的代谢功能等进行预测。该研究获得用于分析的有效序列数为259 250;稀疏曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和。蚕沙菌群主要由变形菌门(Proteobacteria,89.3%)、放线菌门(Actinobacteria,5.0%)、厚壁菌门(Firmicutes,4.4%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,1.1%)、蓝细菌(Cyanobacteria,0.2%)组成,其优势菌门为变形菌门。烘干后蚕沙的菌群多样性及丰富度降低,五龄蚕沙尤为明显。PICRUSt分析蚕沙菌群对应的基因功能发现膜转运、碳水化合物代谢、氨基酸代谢、脂质代谢、核苷酸代谢,细胞过程与信号传导等基因功能丰度较高。烘干处理可显著降低蚕沙中致病菌的种类和数目,有利于药材药用品质,相比于低龄期蚕沙,五龄蚕沙更适宜入药。Illumina Mi Seq高通量测序技术为蚕沙菌群的研究提供了更加准确、科学的数据资源。

• 单位
  南京中医药大学; 国家中医药管理局; 江苏大学