基于SNP芯片的湖羊群体遗传结构分析

作者：熊金珂; 鲍晶晶; 胡文萍; 张莉^*

来源：中国畜牧杂志, 2023, 59(11): 89-94.

DOI：10.19556/j.0258-7033.20220927-03

• 湖羊
• 群体遗传结构
• 亲缘关系
• 近交系数

为探究湖羊种公羊个体间的亲缘关系以及群体遗传结构，本研究使用Illumina Ovine 50K SNP芯片对某规模化养殖场248只湖羊种公羊进行基因分型。结果表明，248只种公羊共获得52 843个SNPs标记，平均检出率为99.15%，质控后得到45 521个高质量的SNPs位点；湖羊种公羊群体多态信息含量为0.302 8，观测杂合度为0.385 0，期望杂合度为0.382 0；同源遗传距离（Identity by state,IBS）在0.131 2～0.320 9之间，平均为0.301 1;248只种公羊共检测到20 214个连续性纯合片段（Runs of Homozygosity,ROH），平均总长度为122.11 Mb，平均近交系数为0.049 9；结合主成分分析和进化树结果，248只种公羊可划分为6个家系。本研究从基因组水平揭示了湖羊种公羊个体间亲缘关系和群体遗传结构，为后续育种计划的制定和实施以及种群的利用提供了参考。

• 单位
  中国农业科学院北京畜牧兽医研究所