学科交叉融合是当今学科发展的必然趋势,研究型大学需要相应进行学科组织结构创新与制度安排。国内外研究型大学院系学科组织发展比较分析发现,我国大学学院设置数量较多且相对较为封闭,学科界限分明,缺少横向整合资源、促进跨学科发展的制度手段;美国大学学院设置数量较少且具有更强开放性,相互交流频繁,有利于促进学科交叉。我国研究型大学需要加强制度设计,创新院系学科组织结构,增强组织的开放性,形成"扁平化"学科组织结构,顺应和促进学科交叉融合发展。