1,1’-二萘基骨架的探针分子对氨基酸/氨基酸衍生物识别的研究

作者：范文杰; 雷凯; 向明礼; 杨明理

来源：成都电子机械高等专科学校学报, 2012, (01): 5-9.

DOI：10.13542/j.cnki.51-1747/tn.2012.01.004

• 分子识别
• 分子力学
• 分子动力学
• 分子模拟
• 分子对接 Molecular recognition
• molecular mechanics
• molecular dynamics
• molecule simulation
• molecule docking

对1,1’-二萘基骨架的3个探针分子,采用Hyperchem和Gaussian 03先后进行分子力学优化、分子动力学模拟、半经验和HF/STO-3G水平几何构型优化。用AutoDock Vina将优化后的探针分子、配体分子α-氨基酸/α-氨基酸衍生物进行对接实验,获得相应的复合物的最佳作用模式并计算它们之间的亲和能。结果表明,理论计算所获得的探针分子与配体分子α-氨基酸/α-氨基酸衍生物之间的结合模式,与根据实验数据所推断的作用模式几乎完全相同;所计算的复合物之间的亲和能,也与实验测定的结合常数间有相同的变化趋势。

• 单位
  四川大学华西医院; 四川大学; 生物治疗国家重点实验室