从学科组织自治与他治视角看学部制推行结果，有两种情况，即继续自治与被迫他治。由自治过渡到他治的学院成员是反对学部制推行的主要力量，因为他们面临学院权力受到强烈压制、学科组织间并未实现有效交往和失去学术领地难以安心研究的现实困境。要超越自治与他治之矩，应明确学部制与学部建制区别、将部分行政职权赋予学部、削弱当前国内学术评价体系对学部制推行的影响；学院在争取自治的道路上也应当考虑是否可为与限度。
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