诺如病毒深圳株SZ2010422全基因组序列测定及分析

作者：张翠红; 覃家剑; 何雅青; 张海龙; 李慧莹; 靳森; 陈克娜; 封少龙; 段招军

来源：中华实验和临床病毒学杂志, 2013, 27(3): 181-183.

DOI：10.3760/cma.j.issn.1003-9279.2013.03.007

• 诺如病毒
• 基因
• 序列分析

目的 分析GⅡ-4型诺如病毒深圳分离株SZ2010422全基因组序列,了解其分子结构特点及进化特性.方法 根据New Orleans参考株全序列设计引物,用RT-PCR分段扩增诺如病毒全基因组,经分子克隆、测序后进行系统进化分析及衣壳区氨基酸位点分析.结果 GⅡ-4型诺如病毒深圳SZ2010422株病毒基因组全长7559 bp,病毒基因组分三个开放阅读框(ORFs),ORF1、ORF2及ORF3长度分别为5100 bp、1623 bp和807 bp,ORF1与ORF2之间有19个核苷酸重叠.深圳株SZ2010422基因组核苷酸序列与参考株GⅡ-4型New Orleans变异株同源性最高,全长同源性为99.3％,ORFI、ORF2、ORF3同源性分别为99.5％、99.2％和98.6％.根据系统进化分析,深圳SZ2010422株属于GⅡ-4 New Orleans变异株.通过对衣壳区氨基酸比对,New Orleans变异株位点变化情况为:aa310N或K→S,aa341D→N,aa359T→S,aa396H→P,aa460H→Y.结论 诺如病毒深圳株SZ2010422属于GⅡ-4型New Orleans变异株.

• 单位
  中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所; 桂林医学院; 公共卫生学院; 南华大学; 温州医科大学; 深圳市疾病预防控制中心