嘉靖三十三年(1554)二月至次年六月,郑晓总督漕运。时漕务久弊,且倭寇入掠,危害漕运。郑晓调兵遣将,筑立城堡,剿御倭寇,又催促户部预处来年漕运、补造运船,以保证漕粮的征收与解运,以及加强瓜洲、仪真守卫,清淤置闸,以保证运河的畅通无阻。嘉靖三十四年(1555),漕粮一百六十七万八千五百四十余石顺利过淮,其余粮米以停兑、改折、存留充饷、缓运等方式处理,所有漕米均未遭到倭寇损毁。郑晓保漕御倭的努力是卓有成效的。