在产学研协同创新与乡村振兴背景下，选取我国35所农林院校2008—2017年的面板数据，采用三阶段DEA模型及Malmquist指数方法测算分析院校科研效率。静态分析表明：第三阶段院校的科研效率值均高于第一阶段，但第一阶段的低效率值来源于环境因素造成效率虚高的假象，因此有必要对环境和随机因素进行调整。动态分析表明：技术进步值低导致Malmquist指数减少，即技术进步变化指数阻碍院校科研效率提升，因此农林院校应更重视产学研合作，提高科技成果转化率，充分利用科技资源从而提升科研效益。
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