基于SLAF-seq的茶组子房室数不稳定居群种质亲缘关系分析

作者：吴致君; 李伟; 王兴华; 张成; 蒋勋; 黎盛; 罗理勇; 孙康^*; 曾亮^*

来源：园艺学报, 2022, 49(11): 2455-2470.

DOI：10.16420/j.issn.0513-353x.2021-0876

• 茶组
• 子房室数
• 亲缘关系
• SLAF-seq
• SNP

为了进一步探究子房室数不稳定（子房无毛、3～5室、花柱3～5裂）茶组（section Thea）居群种质（UONG）的亲缘关系，明确居群内个体的变异是否引起了种间变异，以重庆、云南及其他部分省份87个山茶属茶组和非茶组植物（外类群对照）种质为材料，利用SLAF-seq技术进行简化基因组测序和分子标记分析。测序共获得2 804 071个SALF标签，平均测序深度为11.73×。通过SALF标签比对参考基因组，共获得25 069 219个群体SNP分子标记。基于高一致性SNP数据，系统发育树、遗传结构和PCA分析等方法均将调查种质分为3种类型，即云南等的茶组和非茶组种质（Ⅰ类）、重庆大茶树居群种质（Ⅱ类）和多个省份来源的茶系（常见栽培种和‘川小种’）种质（Ⅲ类）。Ⅰ类种质中茶组植物，包含了五室茶系、五柱茶系、秃房茶系和茶系种质。Ⅱ类种质由UONG和茶系种质（形态特征介于UONG与常见茶系种质之间）组成。此外，遗传分化系数FST表明，Ⅱ类种质与其他几类种质遗传分化程度最高（> 0.3），Ⅰ类与Ⅲ类种质之间也存在较高的遗传分化（> 0.2）。简化基因组测序分类结果和FST值表明，调查的UONG为一类相对独立种质，居群内个体的变异并未引起种间变异。因此，将该类种质归入到一个种下的处理较为合理。此外，在重庆地区存在一类与UONG遗传结构交叉的茶系种质，可能为自然远缘杂交后代。

• 单位
  西南大学; 云南农业大学