乙肝病毒核心蛋白序列特征的生物信息学分析

作者：郝锐; 刘仟仟; 王璐; 陆合; 胡源; 胡接力; 黄爱龙; 涂增^*

来源：中国病原生物学杂志, 2022, 17(01): 31-42.

DOI：10.13350/j.cjpb.220108

• 生物信息学
• 乙肝病毒核心蛋白
• 序列分析

目的 乙型肝炎病毒C基因编码的核心(HBc)蛋白抗原性强，也与持续性病毒感染有关。采用生物信息学方法分析HBc蛋白的结构和序列特征，有助于HBc蛋白的优化表达和纯化，并为乙肝患者的治疗以及疫苗的研制提供参考。方法 乙肝病毒HBc序列的获取来源于NCBI网站GenBank数据库。运用Prot-Param和ProtScale工具在线预测乙肝病毒HBc的理化性质及其亲疏水性；通过在线软件SignalP 4.0Server和TMHMM分别分析该序列的信号肽特征，跨膜区域及磷酸化位点；利用SOPMA和SWISS-MODEL全自动在线软件预测其二级结构和三级结构模型；利用IEDB Analysis Resource,ABCpred和SYFPEITHI HLA-A*02:01预测该蛋白抗原表位，利用Venny2.1.0工具筛选该蛋白最佳表位形成位置等。结果 HBc蛋白由212个氨基酸组成，分子式为C1086H1710N314O300S12，分子质量单位为24.35017ku，理论等电点为9.49。为不稳定亲水性蛋白质。该蛋白质具有信号肽，没有跨膜区域，具有40个潜在的磷酸化位点。预测其主要二级结构为α螺旋和无规卷曲，含量分别36.32%和41.04%。结合HBc蛋白序列的T、B细胞表面抗原、表面可及性、β转角、线性表位的预测结果，发现HBc蛋白具有T、B细胞抗原表位，并且存在4个潜在的优势抗原决定簇区域，分别为37-38、110、158-164、180-208位氨基酸。结论 生物信息学方法预测HBc蛋白存在潜在的抗原表位区域，具有多个磷酸化位点。这有利于疫苗的研发与制备。

• 单位
  重庆医科大学; 基础医学院