植物内生菌16S rRNA基因扩增子高通量测序中降低宿主污染的方法

作者：程丹丹; 杨嘉麒; 王牧; 赵菁

来源：安全与环境工程, 2022, 29(02): 212-220.

DOI：10.13578/j.cnki.issn.1671-1556.20210571

• 植物内生菌
• 16S rRNA基因扩增子高通量测序
• 宿主基因污染
• Cas-16S-seq
• 微生物组
• PCR钳位技术
• 特异性引物

植物内生菌能够帮助植物生长，增强其抗逆性与抗病性，研究植物内生菌对了解植物入侵机制、保护生态环境与农业的健康发展具有重要意义。通过阅读相关文献，总结归纳了降低植物内生菌16S rRNA基因扩增子高通量测序(16S-seq)中宿主基因污染的4种方法，即：(1)寻找特异性错配引物用来扩增细菌16S rRNA基因；(2)添加特异性阻断物用来抑制宿主16S rRNA基因扩增，如PNA-PCR和LNA-RCR钳位技术；(3)在文库构建过程中剪切宿主细胞器的16S rRNA基因，如Cas-16S-seq方法；(4)改变PCR扩增流程，如巢式PCR技术。了解上述各种方法的特点，有助于在植物内生菌16S-seq中选择合适的方法，避免或者减少宿主基因的污染，更准确地进行植物内生细菌群落的研究。

• 单位
  中国地质大学（武汉）