杨树AP2/ERF转录因子家族生物信息学分析

作者：赵金玲; 姚文静; 王升级; 姜廷波; 周博如

来源：东北林业大学学报, 2015, 43(10): 21-29.

DOI：10.13759/j.cnki.dlxb.20150717.006

• 杨树
• AP2/ERF转录因子
• 生物信息学

AP2/ERF基因家族是植物所特有的一类转录因子,该转录因子参与多种生物学过程,包括植物生长、花发育、果实发育、种子发育、损伤、病菌防御、高盐、干旱等环境胁迫响应等。从毛果杨基因组数据库中查找210个毛果杨AP2/ERF家族基因,根据其编码氨基酸序列的相似性和AP2/ERF结构域的数量可分为4类,分别为AP2、ERF、DREB和RAV亚家族及其他(Potri.002G246100)。利用生物信息学方法分析了毛果杨210条AP2/ERF蛋白序列的系统发生、基因组定位、氨基酸组成、理化性质及二级和三级结构等。研究结果可为杨树AP2/ERF家族基因的功能分析提供参考依据。

• 单位
  林木遗传育种国家重点实验室; 东北林业大学