本发明公开了一种基于离子注入衬底的高电子迁移率晶体管,包括:依次层叠设置的衬底、缓冲层、势垒层和沟道层;其中,衬底为经过离子注入处理的c面蓝宝石衬底,离子注入元素为N离子、Al离子或O离子,注入剂量为1×10~(12)cm~(-2)~1×10~(16)cm~(-2),注入能量为30keV~70keV;源极和漏极,位于沟道层上,且分别位于沟道层的两端;栅极,位于沟道层上,且栅极位于源极和漏极之间,且栅极、源极和漏极之间均间隔设置。本发明能够提高器件的输出功率、工作频率和可靠性。