基于Hadoop环境下蛋白质与配体分子对接模拟实验研究

作者：钦淳; 许磊; 王峰; 孔韧; 常珊^*

来源：数据采集与处理, 2020, 35(04): 672-681.

DOI：10.16337/j.1004-9037.2020.04.008

• 蛋白质
• 分子对接
• Hadoop环境
• 并行计算

蛋白质种类和小分子的数量过多,对于药物的模拟开发运算量巨大。而分子对接是研究新药的重要手段,因此提高分子对接实验系统的工作效率十分重要。分子对接主要目的是研究蛋白质受体和配体小分子之间的作用与联系。本文通过模拟实验,搭建了一个Hadoop平台,并利用Hadoop强大的并行计算能力对蛋白质(1ppe与1uy6)与多组数量不同的配体小分子进行对接,最后对工作过程进行了相应的比较与优化。实验结果表明,该系统可以有效提高对接效率,并且具有较好的稳定性和便利性。

• 单位
  常州大学; 江苏理工学院