2019年1月1日,高等学校等事业单位将开始执行新的《政府会计制度—行政事业单位会计科目和报表》,新制度与高校现执行的《高等学校会计制度》差异较大,高校财务管理面临重大挑战,本文从制度变化着手进行差异分析,分析制度变化对高校在管理思维、信息化程度、财务队伍建设、预决算及核算管理方面的影响,提出加强合同管理、提高成本核算水平、修订相关制度、加强队伍建设等可行性建议。