人巨细胞病毒临床株US3基因HLA-A*0201限制性CTL表位预测

作者：胡洪波; 黄汉菊; 彭巧英; 卢佳

来源：实用预防医学, 2010, (12): 2374-2376.

• 人巨细胞病毒
• US3基因
• CTL表位 Human cytomegalovirus
• US3 gene
• CTL epitopes

目的分析晚期黄疸新生儿人巨细胞病毒(HCMV)感染患儿临床株US3基因序列,预测HCMV US3基因HLA-A*0201限制性CTL表位。方法应用巢式PCR法检测20例HCMV感染新生儿标本US3基因,结果进行双向DNA测序。SYFPEITHI和NetCTL方案预测HCMV临床株US3基因HLA-A*0201限制性CTL表位。结果①以Towne作为参考株,序列比对分析显示,20株临床分离株US3的ORF长度均与参考株相同,为561 bp,编码186个氨基酸蛋白。US3氨基酸序列高度保守,仅几个位点在少数分离株中存在变异,变异主要集中在序列的N端,大部分是同义突变。②通过预测获得5个HCMV U...

• 单位
  华中科技大学同济医学院; 湖北省妇幼保健院