基于BSA重测序的辣椒CMS恢复基因连锁分子标记开发

作者：王萌; 赵虎; 徐晓美; 潘尧铧; 赵曾菁; 吴星; 王日升

来源：热带作物学报, 2023, 44(08): 1534-1541.

DOI：10.3969/j.issn.1000-2561.2023.08.002

• 辣椒
• 全基因组重测序
• 胞质雄性不育
• 恢复基因
• 分子标记

三系配套是辣椒育种的主要研究方向，鉴定并开发辣椒恢复基因连锁标记是利用分子标记辅助选育恢复系的难点。本研究以自主选育的辣椒胞质雄性不育系014A和恢复系014C为亲本构建F2分离群体，经χ2测验可育与不育的分离比例符合3∶1，表明辣椒胞质雄性不育育性恢复性状受1对显性基因控制。采用BSA法构建可育和不育极端DNA混池，全基因组重测序并与参考基因组比对，通过SNP-index法和Fisher检验将辣椒胞质雄性不育恢复基因定位于辣椒第6号染色体顶端1.44～8.28Mb的区域内。根据亲本间SNP/InDel差异设计引物，在亲本和极端池筛选多态性引物，得到能稳定扩增出特异条带的分子标记PP5和OP59。这2个标记在极端群体验证中准确率均达到100%；标记OP59是共显性标记，位于恢复基因的候选基因T459-15819间区17 232 bp，该标记在不育群体准确率为100%，在可育群体准确率为97.21%；标记PP5位于恢复基因的候选基因T459-15819下游318bp，该标记在不育群体和纯合可育群体准确率均为100%，不能区分杂合可育类型。该研究获得与恢复基因紧密连锁2个标记为加速选育辣椒CMS恢复系奠定基础。

• 单位
  广东省农业科学院蔬菜研究所; 广西壮族自治区农业科学院蔬菜研究所