霸王密码子偏好性分析

作者：吉德娟; 王占林

来源：分子植物育种, 2021, 1-19.

• 霸王
• 密码子偏好性
• 最优密码子

为了解霸王密码子使用特征及形成原因，本研究以NCBI网站中霸王的EST数据为材料，从中选取637条高质量基因为研究对象，利用Codon W、Excel等软件分析密码子使用特征。结果表明：霸王密码子的平均ENc为51.594，平均CAI为0.179，平均GC3s为41.14%，密码子使用偏好性较弱，密码子第3位偏好使用以A/T结尾的碱基；ENc绘图分析、中性分析、偏倚分析结果说明选择是引起霸王密码子偏好使用的主要因素，但同时还受突变压力和其他因素的影响；偏倚分析中，大部分基因都分布在中心点的左下方，说明密码子第3位上A的使用频率小于T的使用频率，G的使用频率小于C的使用频率。以ENc值和RSCU值为参考标准，确定了28个高频密码子（RSCU>1），以A/U结尾的占82.14%，确定了27个高表达密码子（△RSCU≥0.08），最终筛选出UAU、UGU、UGA、CAU、AGC、GUG为最优密码子。本研究为霸王密码子优化以及基因工程中外源基因的改良和表达提供理论依据。

• 单位
  青海大学