近年来中国基督教史研究在取得进展的同时也呈现一些新趋向。一是打通中国古代和近代史并开始触及新中国以后的基督教史。二是从世界史视野来看中国基督教的历史。三是开始研究基督教附属事业之外的基督教思想与中国文明等核心问题。四是与哲学社会学人类学文学等学科结合带来新的突破。但这一领域也面临着如社会认同度不够、利用西语文献不足、缺乏理论探讨、宗教文化知识薄弱及学术国际化程度不高等一些值得思考的问题。