基于转录组的剑麻ARF基因家族的鉴定及表达分析

作者：鹿志伟; 侯晓婉; 杨子平; 张燕梅; 李俊峰; 周文钊^*

来源：热带作物学报, 2019, 40(10): 1972-1978.

DOI：10.3969/j.issn.1000-2561.2019.10.09

• 剑麻
• ARF
• 基因家族
• 转录组

生长素反应因子(Auxin Response Factors, ARFs)是植物特有的多基因转录因子家族,参与植物生长发育过程的调节。本研究基于转录组数据,通过生物信息学方法鉴定剑麻ARF基因家族成员,同时对其进行相关生物信息学分析。结果表明:在剑麻中共鉴定得到15个ARF基因,并依次命名为AhARF1～15。其编码的蛋白质含有409～1011个氨基酸,分子量约为45.17～112.13 ku,等电点为5.17～9.34。亚细胞定位预测结果显示,13个AhARFs定位于细胞核,2个AhARFs定位于叶绿体。保守结构域分析结果表明,AhARFs基因家族有8个成员同时含有B3、ARF和Aux/IAA这3个相对保守的结构域,其他成员仅含有B3和ARF这2个结构域。进化树分析表明,剑麻AhARFs蛋白可分为5个亚家族。15个剑麻AhARFs基因在剑麻紫色卷叶病不同发病时期呈现不同的表达规律。本研究为进一步深入探索剑麻ARF基因家族的功能奠定了重要理论基础。

• 单位
  中国热带农业科学院南亚热带作物研究所