内部治理体系现代化是“双高”建设背景下高职院校推进高水平及高质量发展的必由之路。以重庆市高校“双高”建设项目为基础,探析高职院校内部治理过程,明确高职院校内部治理体系现代化宏观、中观及微观使命,提出高职院校内部治理体系现代化的方法手段,包括遵循依法治理原则、遵循开放治理原则、遵循民主管理原则等,为完善高职院校的内部治理体系、推进治理能力现代化提供有益的参考。