肠道病毒-D68型流行株3C和3D蛋白结构域序列和结构特征比较分析

作者：杨泽宁; 郑惠文; 李嘉祺; 李洪哲; 郭磊; 王晶晶; 李恒; 宁若彤; 范海涛; 黄星; 储曼曼; 刘龙丁^*

来源：国际病毒学杂志, 2018, 25(01).

• 人肠道病毒D型
• 衣壳蛋白质类
• 病毒非结构蛋白质类
• 基因

目的利用生物信息学的方法, 探究不同亚型肠道病毒-D68型(EV-D68)的3C和3D非结构蛋白序列及结构是否存在差异。方法通过将近年来世界各国EV-D68流行株(主要为中国株和美国株)的VP1核酸序列进行比对, 利用邻接法(Neighbor-Joining)构建系统进化树进行分型, 选取各型的代表株, 利用其3C和3D蛋白的核酸序列构建进化树并同时利用其氨基酸序列进行同源建模, 以进行蛋白质结构分析。结果通过分析发现, EV-D68 Clade A、Clade B亚型毒株3D蛋白的三级结构均相同;而在3C蛋白的三级结构中, Clade B1亚型的毒株与Clade A、Clade B2和Clade B3亚型毒株存在差异。结论 3C蛋白的三级结构上的差异可能导致EV-D68 Clade B1亚型毒株的毒力和致病性高于Clade A、Clade B2和Clade B3亚型毒株。

• 单位
  中国医学科学院医学生物学研究所