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摘要
HKT1是一种转运蛋白，能参与控制K+/Na+的选择性运输和K+的吸收，有助于提高植物的抗逆境能力。为研究盐生植物（盐角草、碱蓬和盐芥）与甜土植物（拟南芥、水稻和小麦）HKT1基因的特性与密码子偏好性，利用Codon W和EMBOSS程序分析3种盐生植物和3种甜土植物的HKT1基因密码子偏好性，并通过中性绘图和ENC绘图分析偏好性形成的可能因素，同时分别采用TBtools和MEGA7.0基于密码子使用频率和序列相似性进行聚类分析。结果表明，HKT1基因偏好性密码子有7个（RSCU>1），其中4个以U结尾，3个以A结尾，说明该基因偏好使用A和U结尾的密码子。盐生植物和甜土植物HKT1基因的ENC范围分别为44.95～55.39和52.22～52.96，其中除盐角草外的盐生植物HKT1基因的ENC均>50，基因密码子偏好性高于甜土植物；中性图谱和ENC图谱分析表明，基因的密码子偏好性受碱基突变的影响较大；RSCU和CDS的聚类分析表明，CDS序列聚类比RSCU值的聚类分析更能展现出不同物种的亲缘关系的远近。综上，盐生植物HKT1基因密码子偏好性较甜土植物强，这将为今后盐生植物和甜土植物HKT1基因的改造和功能验证研究提供一定参考。
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