两株GI.1型札如病毒全基因组测序及初步分析

作者：蒋翠莲; 曹雪; 艾静; 付建光^*

来源：国际病毒学杂志, 2022, 29(05): 408-411.

• 札如病毒
• 全基因组
• 进化树
• 同义突变

目的对GI.1型札如病毒进行全基因组扩增测序尝试并开展初步分析。方法利用本研究设计的GI组札如病毒全基因组5’末端通用引物及杯状病毒3’末端引物, 对本实验室保存的两株GI.1型札如病毒标本进行全基因组扩增, 然后进行文库构建、上机测序及序列组装。通过BioEdit软件进行序列比对分析, 采用MEGA 7.0软件构建进化树进行进化分析。结果两个标本测序质量优异, 测序方法具有可行性;在全基因组(WGS)、NSP基因、VP1基因及VP2基因进化树中, 均归类为GI.1型;位点变异分布于各个基因片段, 但VP1基因的N端保守性较好, 熵值较低;大部分基因的核苷酸突变尤其是NS3、NS5及VP1基因的核苷酸突变以同义突变为主, 未形成相应氨基酸的突变。结论成功地开展了对GI.1型札如病毒全基因组扩增测序及相关进化分析, 为札如病毒的检测提供了新的思路。

• 单位
  南京医科大学; 江苏省疾病预防控制中心; 南京市妇幼保健院