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摘要
试验旨在挖掘杏花鸡品种的群体特征性选择印记，筛选杏花鸡特征性基因和核心基因。研究基于已报道的来源于22个群体的157只鸡的全基因组数据，通过窗口内群体间遗传分化系数（ZFst）及群体内杂合度（ZHp），对其中的杏花鸡群体（n=9）进行全基因组选择印记分析，挖掘杏花鸡群体特征性选择印记，对候选基因进行GO功能分析和KEGG通路富集分析，蛋白相互作用网络分析和核心基因的筛选。结果显示：通过ZFst与ZHp，分别鉴定到172个杏花鸡群体基因组潜在受选择基因，其中包含29个共同受选择基因，包括COL3A1、LMO3、TBC1D14、COL22A1、EP300、TMTC3、KCNE5、PAICS、SGK1、DERA、GPR20、LHFPL6、PREX1、PIK3C2G、HEPACAM2、KITLG、KIAA0232、SMAD1、RIMKLB、SLIT2、LONRF1、NXT2、LDB2、TSNARE1、ABLIM2、VPS50、TCF12、ACSL4与FOXJ2；两种方法共鉴定到的受选择基因进行GO分析，分别富集到68条、82条和16条通路，主要涉及磷和含磷化合物代谢、细胞分化的调节、连接酶活性、转录因子复合体等；杏花鸡特征性核心相关基因为EP300和SMAD1,EP300和SMAD1均参与杏花鸡的肌肉和脂肪的发育和代谢过程。研究表明筛选出的群体特征性基因和核心基因可能通过调节磷代谢和细胞分化等途径影响杏花鸡的形态、肉质和风味。
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