基于全基因组RNA测序数据和基因集富集分析方法对直肠癌发病机制的初步探讨

作者：廖存; 廖锡文; 韦瑞丽; 黄伟; 龚艺贞; 马辉^*

来源：结直肠肛门外科, 2019, 25(04): 422-426.

DOI：10.19668/j.cnki.issn1674-0491.2019.04.011

• 直肠癌
• 癌症基因组图谱
• 全基因组RNA测序
• 基因集富集分析

目的采用癌症基因组图谱(TCGA)的直肠癌全基因组RNA测序数据和基因集富集分析方法 (GSEA),并通过比较直肠癌与癌旁正常组织的全基因组数据集,以初步探讨直肠癌相关发病机制。方法从TCGA门户网站下载直肠癌组织和癌旁正常组织的全基因组RNA测序数据集,以癌组织与癌旁正常组织作为表型分组依据,从GSEA网站的Molecular Signatures Database(MSigDB)中选取c2和c5作为对照基因集。结果共下载到167个直肠癌组织和10个癌旁正常组织的全基因组RNA测序数据集。在c2、c5富集分析结果中,在癌组织表型分组中分别获得170条、151条差异具有统计学意义的基因集,在癌旁正常组织表型中则分别获得341条、710条基因集。直肠癌发病机制可能与调控细胞周期、DNA修复、DNA复制等生物学过程和NF-κB等信号通路有关。结论直肠癌发病机制可能涉及细胞基本状态的调控。

• 单位
  广西医科大学第一附属医院