新一代测序技术在病原体检测中起着日益重要的作用,但读长短、测序周期长、依赖实验室设备环境等极大地限制了其在传染病暴发的快速诊断与检测中的应用。以纳米孔测序技术为代表的第三代测序技术,不仅具有超长读长、实时测序、低成本等优点,而且能够对DNA/RNA直接测序,在病原体检测方面的应用日益广泛。本文针对纳米孔测序技术在传染病防控中的病原体检测与分型、疫情溯源和流行规律研究等不同领域的应用进展进行简要综述。