云南农村水利建设存在区域发展不平衡、投资机制及模式不合理、干旱综合治理措施不完善、农民自我管理不足等问题,同时也面临着人口自然增长、城镇化、旅游发展等带来的供水压力及"空心村"带来的挑战。建议实施贫困地区、山区水利优先发展战略,完善政府主导下的城乡一体化水利投资机制、干旱治理机制、水资源调配与发展机制以及农民参与水利工程管理机制,建立"空心村"水利发展特殊干预制度。