思南黄牛的群体遗传进化分析

作者：王胤晨; 袁扬; 张定红; 赵恬; 陈燕; 张锦华^*

来源：黑龙江畜牧兽医, 2021, (16): 38-150.

DOI：10.13881/j.cnki.hljxmsy.2020.05.0054

• 思南黄牛
• 基因分型测序
• 单核苷酸多态性
• 群体进化
• 受选择基因

为了增加对思南黄牛群体遗传多样性和种群结构的了解,试验采集12～18月龄的42头思南黄牛、5头西门塔尔牛及7头思南黄牛与西门塔尔牛杂交牛的外周血液样品,采用基因分型测序(GBS)技术对思南黄牛群体单核苷酸多态性(SNP)特征进行分析,根据SNP特征进行种群结构分析、群体进化分析、主成分分析(PCA)和群体选择分析。结果表明:获得思南黄牛群体高质量SNP位点441 548个,平均SNP密度为12.338个/Mb。种群结构分析将54个样本分为A、B、C 3个集群,集群C和B亲缘关系较近;基于SNP的PCA分类结果和群体结构分析结果完全一致;群体选择分析发现3-磷酸-5-磷酸硫酸酯合成酶2 (3′-phosphoadenosine 5′-phosphosulfate synthase, PAPSS2)、表皮生长因子样重复序列和盘状蛋白Ⅰ类结构域3(EGF like repeats and discoid in domains 3,EDIL3)、ADP核糖基化因子类GTPase 13B(ADP ribosylation factor like GTPase 13B,ARL13B)、突触融合蛋白19(syntaxin 19,STX19)、酪氨酸激酶2受体酪氨酸激酶4(erb-b2 receptor tyrosine kinase 4,ERBB4)、JARID2(jumonji and AT-rich interaction domain containing 2)和基质相互作用分子2(stromal interaction molecule 2,STIM2)基因受到选择,其中PAPSS2、ARL13B、STX19、EDIL3基因与牛骨骼生长有关,ERBB4、JARID2、STIM2基因与肌肉发育有关,ERBB4基因与毛色选择有关。说明不同集群牛体型相异,可能与其受选择基因偏好相关。

• 单位
  贵州省农业科学院