广金钱草全长转录组测序分析

作者：秦双双; 韦桂丽; 韦坤华; 韦筱媚; 胡营; 梁莹; 缪剑华

来源：中国现代中药, 2023, 25(07): 1441-1450.

DOI：10.13313/j.issn.1673-4890.20221109007

• 广金钱草
• 全长转录组
• 基因注释
• 基因结构

目的：获得广金钱草Desmodium styracifolium (Osb.) Merr.全长转录组数据，深入挖掘其功能基因。方法：采用PacBio Sequel测序平台，对广金钱草的根、茎、叶3个部位混合样品进行全长转录组测序及分析。结果：共获得转录本140 069条，N50长度为1542 nt，其中118 906个（84.89%）转录本被成功注释。非冗余蛋白（NR）数据库注释中，与广金钱草最相近的物种是豆科植物密花豆Spatholobus suberectus Dunn；真核生物相邻类的聚簇（KOG）数据库注释中，比对到一般功能预测的转录本最多，有18 064个；基因本体（GO）数据库注释中，86 459个转录本分布于生物学过程、细胞组成和分子功能三大类45个功能组；京都基因与基因组百科全书（KEGG）注释中，参与广金钱草生物合成和其他次生代谢转录本3721个。在基因结构分析中，共得到74 174个编码序列、3663个转录因子。简单序列重复（SSR）分析表明，40 456个SSR中腺嘌呤和鸟嘌呤（AG）/胞嘧啶和胸腺嘧啶（CT）、AAG/CTT分别是二碱基、三碱基中优势重复类型。结论：获得了广金钱草全长转录本，为其后续的分子研究提供数据支持。

• 单位
  广西科技大学; 广西壮族自治区药用植物园