传统中药数据库中HIV-1蛋白酶抑制剂计算机虚拟筛选

作者：史海龙; 赵云飞; 陈哲

来源：辽宁中医药大学学报, 2016, 18(10): 73-78.

DOI：10.13194/j.issn.1673-842x.2016.10.022

• HIV-1蛋白酶抑制剂
• 虚拟筛选
• 传统中药

目的:运用计算机虚拟筛选技术从传统中药数据库(TCMSP)中快速搜索HIV-1蛋白酶(Protease,PR)的中药小分子抑制剂。方法:采用Scripps研究所的Auto Dock Vina软件,对蛋白质晶体结构数据库PDB中PR与小分子抑制剂沙奎那韦(Saquinavir)形成的复合物(PDB代码:1HXB)三维结构活性部位进行分析,基于传统中药配体库进行分子对接初次筛选。综合运用传统中药系统药理学数据库及分析平台TCMSP及Accelrys公司开发的Discovery Studio 2.5分子模拟软件包内TOPKAT模块计算药代动力学参数和毒性预测对分子对接结果进行2次筛选。结果:以原配体(沙奎那韦)为阳性对照,筛选出传统中药库TCMSP中2个类药性良好的化学成分与PR亲和力高于上市的抗艾滋病药物沙奎那韦的天然小分子化合物,并且确定了它们的中草药来源。结论:该研究结果可促进从传统中药库中提取、设计以及实验合成新的抗艾滋病药物。

• 单位
  陕西中医药大学