基于转录组测序的枫香EST-SSR引物开发及有效性评价

作者：李辉; 冯源恒; 唐生森; 杨章旗

来源：广西植物, 2022, 1-12.

• 枫香
• 转录组
• SSR分子标记
• 引物开发
• 遗传多样性

枫香是广西重要的乡土树种之一，有着较高的用材、观赏及药用价值，该文基于枫香转录组测序结果进行EST-SSR引物开发，可为枫香群体遗传学研究的开展提供有效、可靠的分子标记工具，对于该树种的保护、开发和利用有着重要的意义。研究基于转录组测序技术，检测枫香SSR位点并设计引物，通过PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选出具有较高多态性的枫香EST-SSR引物，并通过对1个枫香天然群体进行遗传多样性分析验证这些SSR引物实际应用效果。结果表明：（1）基于转录组测序得到的枫香SSR Unigene中共发掘到23 777个SSR位点，单核苷酸重复类型SSR位点占总位点比例最高（46.54%）。重复次数上，5～12次之间的SSR位点占比最高（72.36%）。（2）共开发出262对SSR引物，有效扩增率为53.1%，最终筛选出扩增稳定、条带清晰的引物18对。（3）多态性检测结果表明，所有位点均具有多态性；天然群体遗传多样性结果显示，该天然群体中等位基因数量（Na）、有效等位基因数量（Ne）、Shonnon信息指数（I）、观察杂合度（Ho）变化范围分别为2～4、1.112 8～2.609 6、0.208 9～1.112 7和0.275 9～1.000 0，平均值分别为2.333 3、1.957 4、0.708 5和0.722 6。综上所述，在枫香中占优势的SSR位点重复类型和重复基序与其他物种基本相同；本研究所开发的18对枫香EST-SSR引物可以满足开展枫香群体遗传学研究的需要，为后续枫香种群遗传多样性研究提供了丰富的标记引物。

• 单位
  广西师范大学; 生命科学学院; 广西壮族自治区林业科学研究院