对我国高校科研投入和相应产出效率提升的研究已经成为重要课题。文章通过运用DEAP2.1软件对东北三省的"双一流"高校的科研效率进行年度以及对高校整体进行分析发现,东北三省"双一流"高校的科研效率整体是呈现上升趋势,但技术效率有待进一步加强。为了促进东北三省"双一流"高校的科研效率,高校未来要更加注重优化科研效率结构,增强对科研的创新能力以及优化各个高校科研管理模式,进而拉动东北三省整体的科研效率。