马铃薯核苷二磷酸激酶基因(NDPKs)的生物信息学分析

作者：王晓娟; 张楚楚; 史丽; 郜刚^*

来源：基因组学与应用生物学, 2020, 39(09): 4058-4066.

DOI：10.13417/j.gab.039.004058

• 马铃薯
• 核苷二磷酸激酶
• 生物信息学

核苷二磷酸激酶(NDPKs)参与许多与增殖、发育和分化相关的调节过程,对DNA/RNA合成、细胞分裂、大分子代谢和生长至关重要,在响应植物非生物胁迫方面发挥重要作用。本研究选择实验前期获得的一个马铃薯核苷二磷酸激酶基因的EST序列,以此作为实验材料。采用电子克隆技术,获得马铃薯中一个核苷二磷酸激酶基因cDNA序列全长,命名为St NDPKs并上传到GenBank数据库中获得登录号。通过生物信息学的方法,对该基因所编码的蛋白质从理化性质、高级结构等多角度进行分析预测。结果表明:该基因的cDNA全长为717 bp,编码了238个氨基酸,分子式为C1133H1811N331O341S5,是定位于叶绿体基质的亲水性蛋白;该基因属于NDPK superfamily家族,无膜穿透性,无信号肽,磷酸化位点有28个;通过对该蛋白的结构功能域进行分析,发现该序列中含有8个功能位点;根据蛋白质同源序列比对结果,证明该基因与马铃薯核苷二磷酸激酶基因高度同源,表明该基因与核苷二磷酸激酶基因具有相似的生物学功能。本研究为深入研究该基因在马铃薯生物育种方面的相关作用提供了科学依据。

• 单位
  山西师范大学; 生命科学学院