水牛DDR1基因生物信息学及细胞学功能分析

作者：陆杏蓉; 段安琴; 邓廷贤; 马小娅; 杨春艳; 郑海英; 冯超; 黄晨茜; 尚江华^*

来源：黑龙江畜牧兽医, 2023, (09): 48-131.

DOI：10.13881/j.cnki.hljxmsy.2022.06.0295

• DDR1基因
• 生物信息学
• 分析
• 乳腺上皮细胞
• 增殖
• 凋亡
• 迁移

为了了解水牛DDR1蛋白的生物信息学和细胞学功能，试验采用ProtParam、ProtScale、SOPMA、SWISS-MODEL、PSORTⅡPredictio、NetPhos 3.1在线软件对水牛DDR1蛋白进行生物信息学分析，采用基因干扰的方法研究水牛DDR1基因对水牛乳腺上皮细胞增殖、凋亡、基因表达和迁移的影响。结果表明：水牛DDR1蛋白由915个氨基酸组成，分子式为C4538H7029N1261O1287S43,分子量为101 222.99 u,半衰期为30 h,理论等电点为6.22,属于酸性、不稳定、可溶性蛋白质。DDR1蛋白的二级结构由256个α-螺旋(27.98%)、175个延伸链(19.13%)、55个β-折叠(6.01%)、429个无规则卷曲(46.89%)构成。亚细胞定位于内质网(44.4%)、高尔基体(33.3%)和质膜中(22.2%)中。DDR1蛋白共含有65个磷酸化位点，其中丝氨酸磷酸化位点35个，苏氨酸磷酸化位点18个，酪氨酸磷酸化位点12个。DDR1基因的最佳干扰片段为siDDR1-1,最佳干扰时间为48 h。DDR1基因干扰72小时时可极显著抑制水牛乳腺上皮细胞的增殖(P<0.01)。DDR1基因干扰显著或极显著上调凋亡相关基因BCL-2(P<0.01)、XIAP(P<0.05)、TP53(P<0.01)和增殖相关基因CCND1(P<0.01)的表达，下调凋亡相关基因CASPASE3(P<0.05)和CCDB1(P>0.05)的表达，但对细胞凋亡率的影响不显著(P>0.05)。此外，DDR1基因干扰可极显著降低水牛乳腺上皮细胞的迁移率(P<0.01)。说明DDR1基因干扰可极显著影响水牛乳腺上皮细胞的增殖和迁移。

• 单位
  广西壮族自治区水牛研究所; 中国农业科学院广西水牛研究所