基于高通量技术的SFTS病毒基因组测序方法的建立

作者：俞维维; 孙逸; 颜浩; 姚文武; 楼秀玉; 茅海燕; 张严峻^*

来源：中华实验和临床病毒学杂志, 2019, (01): 89-94.

• 发热伴血小板减少综合征病毒
• 文库构建
• 高通量测序
• 基因组

目的 建立一种基于高通量测序技术的发热伴血小板减少综合征病毒(severe fever with thrombocytopenia syndrome virus,SFTS)基因组的测序方法。方法 提取SFTS病毒核酸,分别采用随机引物和oligo(dT)磁珠特异性抓取核酸的方法,优化扩增和纯化条件并建库,利用二代测序仪检测病毒核酸序列。结果 3株病毒采用两种方法测序结果差距较大,利用随机引物建库法获得的数据测序深度和覆盖度明显低于oligo(dT)磁珠抓取建库法。采用oligo(dT)磁珠抓取建库的方法,可对提取的核酸大于300ng的毒株进行测序,3株病毒测序深度都在900以上,覆盖度均超过99%,与NCBI上数据匹配度在90%以上。结论 利用oligo(dT)磁珠抓取SFTS病毒核酸的方法进行建库,建立了基于二代测序平台的SFTS病毒基因组检测方法。

• 单位
  浙江省疾病预防控制中心; 浙江中医药大学