基于转录组的洋葱bHLH转录因子家族鉴定与生物信息学分析

作者：陈微; 潘美红; 惠林冲; 李威亚; 郇国磊; 何林玉; 缪美华; 陈振泰; 杨海峰^*

来源：江苏农业科学, 2023, 51(05): 11-18.

DOI：10.15889/j.issn.1002-1302.2023.05.002

• 洋葱
• bHLH
• 转录因子
• 生物信息学分析

bHLH转录因子家族是真核生物中重要的转录因子家族，在植物生长发育、次生代谢和逆境应答中发挥重要作用。本研究利用转录组数据对洋葱基因家族成员进行筛选和鉴定，并对家族成员进行理化性质、保守基序、亚细胞定位、系统发育和蛋白互作生物信息学分析，同时对bHLH基因家族在洋葱幼苗中的表达情况进行分析。结果表明，从洋葱转录组共鉴定到36个bHLH基因，预测编码蛋白质含有的氨基酸数量为127～610个，且均为亲水性蛋白，系统发育分析表明，洋葱bHLH基因家族分为12个亚族，同一亚族的大多数基因具有相似的保守基序，大多数bHLH基因在洋葱幼苗中表达，不同基因的表达量水平差异较大。本研究结果为进一步研究洋葱bHLH转录因子家族的生物学功能奠定了基础。

• 单位
  江苏省连云港市农业科学院